تم إنشاء وتركيب وحدة تحلية المياه بكلية الهندسة فى إطار تنفيذ مشروع بحثي مشترك بين كلية الهندسة بالجامعة وجامعة خواجون للعلوم والتكنولوجيا بووهان بالصين الشعبية بعنوان "دراسة أساسية وتطبيقية لنظام تحلية المياه بالطاقة الشمسية باستخدام المواد النانومترية" والممول من صندوق العلوم والتنمية التكنولوجية وذلك في إطار دعم استراتيجية مصر 2030 بالتوسع في مجالات تحلية المياه وكذلك استخدامات الطاقة الشمسية.
وتقوم وحدة تحلية المياه بكلية الهندسة بتحلية مياه الآبار والبحار بسعة 25 متر مكعب في اليوم بأحدث تكنولوجيا وبمواصفات عالمية حيث تعمل باستخدام الأغشية (بطريقة التناضح العكسي) مزودة بمنظومة سخانات شمسية لرفع درجة حرارة مياه تغذية وحدة التحلية لزيادة كفاءتها وإنتاجيتها اليومية.
وتعمل وحدة تحلية المياه من خلال منظومة (ألواح طاقة شمسية مزودة بالبطاريات) لتزويد الوحدة بالطاقة الكهربائية اللازمة لتشغيل الوحدة بالكامل خلال ساعات اليوم كما يتم استعمال المواد النانوميترية لزيادة كفاءة الوحدة، كما أن لدى الوحدة قابلية التشغيل بمياه تغذية بتركيزات أملاح مختلفة حسب مصدر المياه بحيث تكون مناسبة لتشغيلها على ماء الآبار أو ماء البحر
كما تتكون من ثلاث مراحل أساسية هي المعالجة الأولية للمياه وعملية إزالة الأملاح الزائدة والمعادن من المياه والمعالجة النهائية للمياه، حيث تمكن عملية تحلية الماء من استخدام المياه في الحياة العملية كالزراعة والتطبيقات الصناعية المختلفة حسب نوع المعالجة النهائية للمياه